碇元渡造出凌波丽就是为了利用她使自己变成神，方法就是同时取得智慧果实和生命果实，亚当和夏娃的后代都拥有智慧果实。

由于凌波丽是接近于使徒的存在，所以碇元渡本想以凌波丽为媒介与莉莉丝融合，然后去取初号机体内的S2机关，但是被凌波丽拒绝。